Kooperationen

Eine umfassende Proteomanalyse [321 KB] von komplexen Proben umfasst zahlreiche Schritte von der Probenvorbereitung, Proteintrennung, Proteinidentifikation und Datenanalyse; jeder Teilschritt ist entsprechend derjeweiligen Fragestelung zu optimieren.

Das IKC verfügt über eine Vielzahl technischer Möglichkeiten um im Rahmen von wissenschaftlichen Koopreationsprojekten entsprechende Unterstützung zu leisten.

Für eine umfassende Analyse von komplexen Proteingemischen ist in aller Regel eine ausreichende Fraktionierung der Proben erforderlich.
Hierfür stehen flüssigbasierte (Multidimensionale HPLC) und gelbasierte Techniken zur Auswahl.

Proteomic Profiling

MS-basiertes Proteomic Profiling : Vergleichende Untersuchung von klinischem Probenmaterial (komplexe Proteingemische) zur Detektion z.B. von therapie- oder krankheitsassoziierter Veränderungen auf Proteinebene.

Komplexe Proteingemische werden durch affinitätschromatographische Vorfraktioniert, die chromathographische Oberfläche ist auf Magnetbeads immobilisiert; es stehen verschiedene Funktionalitäten zur Auswahl:

Profiling kits (Clinprot System, Bruker Daltonics)
- Hydrophobe Interaktions Chromatographie (HIC-C18; HIC-C8; HIC-C3; HIC-C1 [834 KB] )
- Ionenaustausch Chromatographie (WCX [784 KB] ; WAX [834 KB] )
- Komplexbildung mit Metallionen (IMAC-Cu [792 KB] )
- Immunobeads (IAC Prot G [813 KB] )
- Anreicherung von glycosylierten Proteinen (LAC Con A [809 KB] ; LAC WGA [791 KB] ; Cov AC-boronic [856 KB] )
- Anreicherung von phosphorylierten Ppetiden (IMAC-FE [942 KB] )

Vergleichende relative Quantifizierung von Proteinen / Peptiden durch isotope coded labeling (z.B. ICPL, Bruker)

absolute Quantifizierung von niedermolekularen Substanzen (Standard erforderlich) durch LC/MS (HCT-ultra, Bruker) oder LC/MALDI-TOF Massenspektrometrie.