Frequently asked questions

Welche Probenmenge ist für MALDI-TOF MS Analysen erforderlich?

Eine Proteinkonzentration von 100 nmol/ml ist in der Regel ausreichend, es sollten nicht weniger als 5 µl für die Untersucung bereitgestellt werden. Bestimmte posttranslationelle Modifikationen (Glykosylierung, Phosphorylierung) können die Ionisationsfähigkeit der Peptide/Proteine nachteilig beeinträchtigen und die analytische Sensitivität verschlechtern.

Umrechnungshilfe Mol / g:
Memo: M>mM>µM>nM>pM>fM

Merke: 1nmol entspricht dem Wert der kDa Masse des Proteins in µg

Beispiel:
1 M eines 50kDa Proteins entspricht 50.000 g
1mM eines 50kDa Proteins entspricht 50 g entspricht 50.000.000 µg
1µM eines 50kDa Proteins entspricht 0.05 g entspricht 50.000 µg
1nM eines 50kDa Proteins entspricht 50µg

Probenvorbereitung:
Puffer mit ionischen Detergentien (z.B. SDS, CHAPS) oder schwerflüchtige Lösungsmittel (z.B. DMSO) sind zu vermeiden. Weiterhin sind hohe Salzkonzentrationen Substanzen (z.B. Glyzerin, Twee, triton, PEG), welche die Matrixkristallisation stören, zu vermeiden.
Kann auf diese kritischen Komponenten nicht verzichtet werden, ist eine geeignete Probenaufreinigung (z.B. C18 ZipTip) obligat.

Reinheit:
In komplexen Protein/Peptidgemischen kommt es zur Ionensuppression; die Proben sind mit geeigneten Protokollen (z.B. SDS-PAGE; C18-ZipTip) aufzureinigen.

Die MS-Ergebnisse können mit speziellen software Paketen vom Einsender für eine detaillierte Nachbearbeitung bei Bedarf selbst ausgewertet werden.

Protein-/ Peptididentifikation mit PHENYX (Genebio)

Proteomic Profiling mit ClinProTools (Bruker)

Darüber hinaus gibt es zahlreiche andere, z.T. öffentlich zugängliche software Lösungen, mit denen die Daten nachbearbeitet werden können. (Artikel Proteomics)

Die Kostenkalkulation für die Projekte orientiert sich zur Zeit lediglich an den benötigten Reagenzien und Verbrauchsmaterialien!