SDS-PAGE [19 KB] Gele / Coomassie Blue [19 KB] -Färbung.

Alternativ können Gele auch mit entsprechenden Fluoreszenzfarbstoffen (z.B. Sypro Ruby) gefärbt werden.

Eine Silberfärbung [141 KB] ist generell nicht zu empfehlen.

Proteine können durch tryptischen Verdau [19 KB] und massenspektrometrische Analyse des für jedes Protein spezifischen Peptide Mass Fingerprint (PMF) über eine Datenbankabfrage identifiziert werden. Dieses Vorgehen liefert oft nur dann eindeutige Ergebnisse, wenn das zu identifizierende Protein hochaufgereinigt in den tryptischen Verdau eingesetzt wurde.

Das Ultraflex Massenspektrometer verfügt über die Möglichkeit eine weitere Fragmentierung einzelner Peptide (Tandem Massenspektrometrie) durchzuführen; damit ist oft auch eine direkte Sequenzanalytik kurzer Peptide zur Sicherung der Proteinidentität möglich.

ZipTip Protokoll zur Aufreinigung und Ankonzentration von Petiden nach tryptischem Verdau [19 KB] von Proteinen

In komplexen Proteinproben sind hohe Abundanzunterschiede sind zu beachten.

Generell ist die Darstellung niedrigabundander Proteine/Peptide in Anwesenheit von hochabundanden Proteinen/Peptiden eine große Herausforderung, in der Regel sind entsprechende Aufreinigungsschritte erforderlich.

Eventuell kann auch eine Fraktionierung in subzelluläre Fraktionen (Cytoplasmatische-, nukleäre Proteine, Membranproteine und Organellen) sinnvoll sein.

'A subcellular prefractionation protocol for minute amounts of mammalian cell cultures and tissue'. Proteomics. Guillemin et al. 2005 Jan;5(1):35-45