ZMF: Microarray-Technology

Microarray-Durchführung

Ausgangsmaterial: total-RNA oder je nach Array-Typ speziell angereicherte RNA. Die RNA Präparation wird vom Einsender übernommen. Die Ausgangsmengen liegen je nach Array-Typ zwischen 100ng und 1µg total RNA.

Array-Typ	Ausgangsmenge Total RNA
3’-Expression	100ng (in 3µL)
Whole Transcript Expression	100ng (in 3µL)
miRNA	1µg (in 8µL)

Die Proben eines Sets sollten von gleicher, möglichst sehr guter Qualität sein. Überprüfen lässt sich dies am besten mittels Agilent Bioanalyzer.

Der eigentliche Experimentablauf nach der RNA-Präparation gliedert sich grob in die folgenden Schritte:

Amplifikation, Markierung mit Biotin und Fragmentierung der RNA
Hybridisierung (meistens 16h bei 45°C)
Waschen und Färben mit einer Fluidics Station 450
Scannen mit dem Affymetrix GeneArray Scanner3000