ZMF: Microarray-Technology

Datenanalyse

Die Ergebnisse des Microarray-Scanners werden zunächst mithilfe eines Lasers und eines Detektors in eine Datei mit Bilddaten gespeichert (DAT-Datei). Für jede Sequenz wird eine Durchschnittsintensität der Bildpixel berechnet und diese in einer Datei mit den Intensitätsdaten abgelegt (CEL-Datei). Anhand einer Layout-beschreibenden Dateien (CDF) werden die Intensitätswerte Genen/Transkripte zugeordnet. Bei der Analyse werden die customCDF-Dateien von Brainarray verwendet.

Die Auswertung der DNA-Microarray-Daten erfolgt mit der aktuellen Version von SAS JMP Genomics.

Die Auswertungen umfassen eine Reihe von Analysen:

Qualitätskontrolle
Datenvorverarbeitung und Normalisierung
Differentielle Genexpressionsanalyse
Explorative Datenanalyse
Phänotyp-Klassifikation
Annotation und Analyse von Zellstoffwechselwegen

Der Kunde erhält eine Liste mit den Expressionswerten aller “probe sets” sowie Tabellen der differentiell expremierten Gene. Zusätzliche bioinformatische Analysen können nach Absprache zusätzlich durchgeführt werden.