Microarray-Analytik

• Home
• Durchführung
• Bioinformatik
• Dokumentation
• Links
• Kontakte

switch to english

Microarray-Links

Software für die Analyse von Microarray-Daten

• SAS JMP Genomics - Ein umassendes Softwarepaket für die Analyse von Microarray-Daten
• Bioconductor Project ist ein Open-Source Project für die Analyse von genomischen Daten
• GenMAPP zur Analyse und Visuellierung von Expressionsdaten in Signalwegen (MAPPs)
• R-Project ist eine freie Skript-Sprache für statistische Berechnungen
• Significant Analysis of Microarrays (SAM) ein Excel-Addin für eine Analyse von genomischen Daten
• Gene Set Enrichtment Analysis (GSEA) für die Analyse von Genomdaten in Bezug von Signalwegen

Softwareverzeichnisse

• J.F.Leung’s
• Stanford Microarray Database

Datenbanken

• Ensembl - Eine umfassende Gendatenbank für Eukrayonten
• NCBI mit Gen und Protein Sequenz Information.
• miRWalk eine umfassende Datenbank für miRNAs.
• KEGG Pathway enthält eine Sammlung von Signalwegen mit bildlicher Darstellung
• MSigDB enthält eine umfangreiche Sammlung von Genesets für die GSEA
• The Vertebrate Genome Annotation (VEGA) Genom-Annotationsdatenbank
• Pathguide Übersicht über 240 Webseiten mit Bezug zu Signalweg-Informationen
• The Gene Ontology provides describes gene and gene product attributes in any organism.
• BRENDA - Große Enzym-Datenbank
• The Eukaryotic Promoter Database beinhaltet eine Kollektion von eukaryotic POL II Promotoren
• Gene-Regulaion.com - Eine Reihe von Datenbanken (z.B. Transfac)
• DrugBank - Datenbank mit detalierten Informationen über Wirkstoffe und Arzneimittel
• iHOP - Information hyperlinked over proteins
• GeneAtlas - beinhaltet Informationen über genetische Erkrankungen.

Anwendungen

• XplorMed - Bibliographische Suche in Medline
• GoPubMed - GeneOntology basierte Literatursuche
• BioMart Abfrage von Annotationsdaten mit zahlreichen Filtermöglichkeiten
• PubGene Literaturbasierte Suche nach Verbindungen von Genen und Proteinen