PD Dr. med. Johannes Betge

Translationale gastrointestinale Onkologie und präklinische Modelle

Tumoren des Verdauungstrakts gehören zu den häufigsten Krebserkrankungen des Menschen. Trotz großer Fortschritte in der Therapie dieser Erkrankungen können viele Patienten, vor allem mit Krebs in fortgeschrittenen Stadien, leider immer noch nicht von ihrer Erkrankung geheilt werden. Übergeordnetes Ziel der Arbeitsgruppe ist daher die Entwicklung neuer, individualisierter Therapien für Patienten mit fortgeschrittenen gastrointestinalen Tumoren, sowie die Analyse von prädiktiven Fakturen und Resistenzmechanismen von Krebstherapien.

Organoidkulturen zur Etablierung neuer Krebstherapien

Organoide sind 3D-Zellkulturen, die aus Biopsien von Tumoren oder auch gesunden Epithelzellen gewonnen werden können. Sie ähneln ihrem Ursprungsgewebe und behalten viele von dessen molekularen Eigenschaften auch in Kultur bei. Sie lassen sich zudem im Labor über lange Zeit kultivieren und vermehren, sodass verschiedene Experimente mit den Organoiden möglich sind. Durch Organoid-Anzüchtung aus Tumorbiopsien und robotergestützten Wirkstofftests können wir das Ansprechen der Tumormodelle auf zahlreiche Medikamente untersuchen. In Zusammenschau mit molekularen Veränderungen versuchen wir zudem Grundlagen und Marker für Ansprechen und Resistenz zu identifizieren. Mit Hilfe von individuellen Organoidmodellen und Wirkstofftestung mit klinisch einsetzbaren Medikamenten wollen wir personalisierte Therapieoptionen für Patienten mit fortgeschrittenen gastorintestinalen Tumoren finden.  Diesen Ansatz untersuchen wir in mehreren klinischen Studien.

Analyse molekularer Zielstrukturen und prädiktiver Faktoren in gastrointestinalen Tumoren

Mit der Analyse von klinischen und molekularen Variablen an Kohorten von Tumorpatienten und Organoiden wollen wir prädiktive- und/oder prognostische Marker etablieren, die Therapieentscheidungen unterstützen sollen. Unter anderem waren wir kürzlich an der Entdeckung neuer prädiktiver Marker für das Ansprechen auf eine Therapie mit Bevacizumab beteiligt. Zudem setzen wir Analysen von zirkulierender Tumor-DNA (cfDNA) aus Blutproben von Patienten mit gastrointestinalen Tumoren (sogen. Liquid Biopsies) ein, um Vorhersagen über den Krankheitsverlauf treffen zu können und neue Mechanismen der Chemoresistenz zu identifizieren.

Auswahl aktueller Publikationen

Cancer-Associated Mutations in Normal Colorectal Mucosa Adjacent to Sporadic Neoplasia
Zhan T, Belle S, Valentini E, Herrmann S, Miersch T, Li M, Gaiser T, Boutros M, Ebert MP, Betge J.
Clin Transl Gastroenterol. 2020; 11:e00212
Published: July 2020

DOI: 10.14309/ctg.0000000000000212

Multiparametric phenotyping of compound effects on patient derived organoids
Betge J*, Rindtorff N*, Sauer J*, Rauscher B*, Dingert C, Gaitantzi H, Herweck F, Miersch T, Valentini E, Hauber V, Gutting T, Frank L, Belle S, Gaiser T, Buchholz I, Jesenofsky R, Härtel N, Zhan T, Fischer B, Breitkopf-Heinlein K, Burgermeister E, Ebert MP, Boutros M. 
BioRxiv; 2019, 660993
Published: June 2019

DOI: 10.1101/660993

Detection of mutational patterns in cell free DNA (cfDNA) of colorectal cancer by custom amplicon sequencing
Herrmann S*, Zhan T*, Betge J*, Rauscher B*, Belle S, Gutting T, Schulte N, Jesenofsky R, Härtel N, Gaiser T, Hofheinz RD, Ebert MP, Boutros M (2019)
Mol Oncol (*equal contribution) 
Published: 19. July 2019 

DOI: 10.1002/1878-0261.12539

Copy number load predicts outcome of metastatic colorectal cancer patients receiving bevacizumab combination therapy
Smeets D, Miller IS, O'Connor DP, Das S, Moran B, Boeckx B, Gaiser T, Betge J, Barat A, Klinger R, van Grieken NCT, Cremolini C, Prenen H, Mazzone M, Depreeuw J, Bacon O, Fender B, Brady J, Hennessy BT, McNamara DA, Kay E, Verheul HM, Maarten N, Gallagher WM, Murphy V, Prehn JHM, Koopman M, Punt CJA, Loupakis F, Ebert MPA, Ylstra B, Lambrechts D, Byrne AT (2018). 
Nat Commun 9:4112
Published: 05 October 2018

DOI: 10.1038/s41467-018-06567-6

Loss of Chromosome 18q11.2-q12.1 Is Predictive for Survival in Patients With Metastatic Colorectal Cancer Treated With Bevacizumab
van Dijk E, Biesma HD, Cordes M, Smeets D, Neerincx M, Das S, Eijk PP, Murphy V, Barat A, Bacon O, Prehn JHM, Betge J, Gaiser T, Fender B, Meijer GA, McNamara DA, Klinger R, Koopman M, Ebert MPA, Kay EW, Hennessey BT, Verheul HMW, Gallagher WM, O'Connor DP, Punt CJA, Loupakis F, Lambrechts D, Byrne AT, van Grieken NCT, Ylstra B 
J Clin Oncol 36:2052-2060
Published: 24 May 2018

DOI: 10.1200/JCO.2017.77.1782

Amplicon sequencing of colorectal cancer: variant calling in frozen and formalin-fixed samples
Betge J, Kerr G, Miersch T, Leible S, Erdmann G, Galata CL, Zhan T, Gaiser T, Post S, Ebert MP, Horisberger K, Boutros M  
PLoS One 26;10 :e0127146
Published: 1 May 2015

DOI: 10.1371/journal.pone.0127146

Intramural and extramural vascular invasion in colorectal cancer: prognostic significance and quality of pathology reporting
Betge J, Pollheimer MJ, Lindtner RA, Kornprat P, Schlemmer A, Rehak P, Vieth M, Hoefler G, Langner C 
Cancer 118, 628-63
Published: 1 February 2012

DOI: 10.1002/cncr.26310