1996 wurde am Institut mit der Einlagerung von Nabelschnurblut-Transplantaten unverwandter Spender begonnen. In Zusammenarbeit mit der Klinik für Gynäkologie und Geburtshilfe am Universitätsklinikum Mannheim und der Hedwigsklinik Mannheim wurden bisher mehr als 2.000 Nabelschnurblut-Transplantate eingelagert. Seit dem Jahre 2002 sind die Nabelschnurblutpräparate beim Paul-Ehrlich Institut zugelassen. Seit 2010 ist die Nabelschnurblutbank Mannheim FACT-akkreditiert (Foundation for the accreditation of cellular therapy).

Neben der Transplantation von allogenen (vom Fremdspender gewonnenen) Stammzellen aus Knochenmark oder peripherem Blut im Rahmen der Therapie von malignen Erkrankungen des blutbildenden Systems stehen seit Anfang der 90er Jahre auch Stammzell-Präparate aus Nabelschnurblut (Plazentarestblut, engl. cord blood) zur Verfügung. Wurden zunächst vor allem Nabelschnurblut-Transplantationen zwischen Verwandten durchgeführt, so konnte bald gezeigt werden, dass auch mit Nabelschnurblut von nicht verwandten Spendern eine vollständige hämatopoetische Rekonstitution zu erzielen ist. Stammzell-Transplantate aus Nabelschnurblut haben viele Vorteile: sie können ohne Risiko für Mutter und Kind gewonnen werden und sie sind durch Tiefkühlkonservierung fast unbegrenzt lagerbar, sie verursachen seltener Abstoßungsreaktionen (Graft versus Host Erkrankung, GvHD).

Aufgrund des begrenzten Volumens einer Nabelschnurblutspende und der damit verbundenen begrenzten Stammzellausbeute werden gegenwärtig v. a. Kinder und Jugendliche mit einem Körpergewicht bis zu 30 kg mit Nabelschnurblut-Transplantaten behandelt.

Die Mannheimer Nabelschnurblutbank ist seit 2003 an die NETCORD-Foundation angebunden (unter dem Dach der WMDA) und über das Zentralregister für Knochenmarkspende in Deutschland ZKRD in Ulm international vernetzt. Die Mannheimer Präparate sind damit für alle Patienten weltweit verfügbar.