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PubMed

In der frei zugänglichen Artikeldatenbank PubMed werden über 5000 internationale (vorrangig englischsprachige) biomedizinische Zeitschriften ausgewertet. Die Suchsprache ist Englisch. Alle nicht-englischsprachigen Titel sind übersetzt.

Besonderheiten:

  • Verschlagwortung der meisten Artikel mit Medical Subject Headings (MeSH) und gegebenenfalls automatische Suche mit MeSH-terms in Hintergrund, siehe Abschnitte "Suchmöglichkeiten" und "Thematische Suche mit MeSH".
  • Bitte benutzen Sie immer die obige Einstiegs-URL unserer Bibliothek für Ihre Suche (auch als Link oder via Direktsuche auf unserer Startseite). Hierdurch werden der "Check full text"-Service (siehe unten) eingebunden und Ergebnisfilter komprimiert angezeigt (z. B. Clinical Trial, German).
    (Die gelbe Hervorhebung der Suchbegriffe funktioniert noch nicht.)

Suchmöglichkeiten

  • Allgemein

    Standardmäßig werden alle nebeneinander eingegebenen Begriffe in allen Suchkategorien gesucht (jeder Begriff muss gefunden werden), aber es wird gegebenenfalls im Hintergrund mit verknüpften thematischen Begriffen (MeSH-terms) gesucht, das ist sichtbar in den aufgeklappten Details auf der Advanced-Seite, siehe Screenshot nach der Suche mit prostate cancer:

    Generell sind Suchstrings mit OR-Verknüpfungen, Klammern und Platzhalter/Trunkierung möglich, z. B. term1 (term2 OR term3*). Phrasen (genaue Wortfolge) können mit Anführungszeichen gesucht werden ("term term*"), wobei nur das letze Wort trunkiert werden kann.

     Hinweise:

    • Platzhalter/Trunkierung: * für 0-n beliebige Zeichen rechts, Eingabe von mindestens 4 Zeichen davor!
    • Die automatische Suche mit MeSH-terms wird verhindert wenn man mit Platzhalter, Bindestrich oder Anführungszeichen sucht.
  • Feldkennungen und Advanced-Suchmaske

    Über Feldkennungen hinter jedem Begriff oder jeder Phrase kann man vorgeben, in welchem Feld gesucht werden soll, z. B. term[ti] im Titel oder "term term"[tiab] in Title, Abstract und Author Keywords – allerdings wird dann nicht mehr automatisch nach MeSH-terms gesucht.

    Die Suche mit Feldkennungen funktioniert komfortabel über die Advanced-Suchmaske, z. B.  nach Journal (auch Eingabe von Abkürzungen möglich). Es werden automatische Begriffsvorschläge zur Auswahl angezeigt (autocomplete), Show Index zeigt zudem die Anzahl der Treffer vor der Suche an. Die Suche startet man über ADD und dann von der "Query box" aus mit Search oder Add to History. Siehe Screenshots.

    Über die History-Tabelle können Sie vorherige Suchschritte nochmal ausführen (Spalte Results) oder in der Spalte Actions mit ... >  Add in der Query box verändern oder kombinieren, siehe Screenshot. Die Kombination funktioniert auch mit den Zeilennummern der Suchen, also z.B. mit #1 AND/OR/NOT #2 in der Query box.

     Hinweis: Bei Auftragsrecherchen kombinieren wir in der Regel MeSH-terms und Title/Abstract-Begriffe je Suchaspekt.

  • Autorensuche

    Autoren können vielfältig gesucht werden: über Nachname Inititale(n) - Nachname, Initiale(n) - Nachname[au] - Vorname Nachname - Nachname Vorname - Nachname, Vorname oder über die Auswahl des Author-Feldes in der Advanced Search. Bei Eingabe einer Initiale wird automatisch mit ggf. weiteren vorhandenen Initialen und mit ggf. der ausgeschriebenen Form des Vornamens gesucht.

    Aber VORSICHT: Suchen mit Vornamen finden nur Artikel ab 2002, z.B. findet sergij goerdt nur 178, goerdt s dagegen 318 Treffer.
    Außerdem ist die author ambiguity, also die Mehrdeutigkeit von Namen, ein Problem, das sich teilweise mit Web of Science, aber besser noch mit der Nutzung von Author Identifiern lösen lässt.

    Siehe auch PubMed-Help.

  • Similar Articles, Cited by, References

    Über die Page navigation auf der Detailseite gibt es einige Funktionen, die für die Auswahl weiterer Artikel genutzt werden können:

    Die Similar articles-Funktion führt zu 50-150 ähnlichen Treffern in Bezug zum ausgewählten. Sind im ausgewählen Artikel MeSH-terms vorhanden, ist das von Vorteil.

    Teils werden über Cited by Artikel angezeigt, die von Verlagen als Volltext in PubMed Central abgelegt wurden und diesen Artikel zitieren. References werden angezeigt, wenn der Artikel zusätzlich als Volltext in PubMed Central vorliegt.

Filter

Das Filter-Menü auf der linken Seite der Ergebnisliste ermöglicht das Einschränken der Suche nach bestimmten Kriterien, wie z.B. Publikationsdatum und -typ, Sprachen, Altersgruppen, Geschlecht etc. Über Additional filters können standardmäßig nicht angezeigte Filter ausgewählt werden. Über clear werden Filter wieder gelöscht.

Die von uns als Auswahl eingebundenen PubMed-Filter (links oben) müssen nach der Benutzung nicht gelöscht werden.

Der Filter Journal category > MEDLINE zeigt nur mit MeSH-terms verschlagwortete Artikel an, Nursing journals schränkt ein auf ca. 185 Pflegezeitschriften.

 Hinweise: Filter wie Species, Sex, Age und Article type schränken automatisch auf bereits verschlagwortete Artikel ein, da sie Teil der Verschlagwortung sind. Der Article type Systematic Reviews ist als komplexe Suchstrategie eine Ausnahme – siehe auch den Abschnitt "Clinical Queries". Der Sprachfilter Language bezieht sich immer auf alle Artikel.

Ergebnisanzeige und Export

  • Anzeige

    Jeder Treffer führt über den verlinkten Titel zur Detail- bzw. Abstractanzeige.

    Standardmäßig sind die Treffer in der Trefferliste nach Relevanz sortiert (Best match), das kann jedoch über das Einstellungsrad nach Datum umsortiert werden. Das Anzeigeformat  kann auf Abstract umgestellt werden. (Siehe Screenshot)

    Eckige Klammern um den übersetzten Titel bedeuten, dass die Originalsprache des Artikels nicht englisch ist, die Sprache wird bei der Zeitschrifteninformation angezeigt.

    Unter den Autoren stehen die aufklappbaren Affiliations (seit 2014 für alle Autoren, davor nur für den Erstautor), darunter die PubMed-ID (PMID, eindeutige Nummer für jeden Artikelnachweis, der auch für die Suche genutzt werden kann) und häufig die DOI (digital object identifier), eine dauerhafte URL, die zur Verlagsseite verlinkt. Dann folgt meist das englischsprachige Abstract. (Siehe Screenshot)

    Weitere Inhalte können über die Page Navigation angesteuert werden, siehe Screenshot und Abschnitt "Suchmöglichkeiten".

     

     

  • Speichern

    Trefferlisten

    Trefferlisten können über Save u.a. im Format PubMed (.txt-Datei), siehe Screenshot, oder über Send to > Citation manager (.nbib-Datei) exportiert werden, die dann mit Literaturverwaltungsprogrammen wie EndNote importiert oder direkt geöffnet werden können.

    Einzeltreffer

    Einzeltreffer können auch über '' Cite als .nbib-Datei gespeichert oder in einem von vier Formaten (u.a. APA) kopiert werden.

    Favorites speichert den Treffer im eigenen NCBI-Konto (siehe Abschnitt unten) unter Collections.

     

  • Merkliste

    Einzelne Treffer können in der Trefferliste angehakt und dann über Send to > Clipboard in die Merkliste gelegt werden, siehe Screenshot. Von dort aus könnnen Sie wieder abgespeichert oder gemailt werden.

  • Teilen (Share)

    Für Einzeltreffer gibt es neben Twitter und Facebook noch einen sogenannten Permalink mit angehängter PubMed-ID zum Kopieren (Kettensymbol).

Clinical Queries

Auf der Seite Clinical Queries (siehe auch PubMed-Homepage unter PubMed Tools) kann man unter Clinical Study Categories nach Abschicken der Suchbegriffe auf die Studienkategorien Therapy, Diagnosis, Prognosis, Clinical prediction guides, Etiology einschränken, und zwar jeweils Broad oder Narrow, siehe Screenshot.

Auf der gleichen Seite gibt es auch die Filter Systematic Reviews (basiert auf einer Suchstrategie, siehe auch Filter-Menü) und Medical Genetics mit Unterbegriffen zur weiteren Einschränkung.

Die ausformulierten Suchstrategien für diese Filter sind verlinkt. Weitere PubMed-Filter für Reviews, Qualitative, Costs und Economics sind hier zu finden.

Thematische Suche mit MeSH

Zur thematischen Suche können englischsprachige Schlagworte (Medical Subject Headings) genutzt werden.

 Hinweis: Aktuelle Artikel sind noch nicht verschlagwortet (das kann im Einzelfall bis zu 6 Monaten dauern, je nach Bedeutung der Zeitschrift), epubs ahead of print auch nicht - die erscheinen später ggf. verändert noch in einer Heftausgabe und werden erst dann verschlagwortet. Zudem gibt es einige Zeitschriften aus PubMed Central (rund 2000), deren Artikel in PubMed nachgewiesen, aber nicht verschlagwortet werden.

  • MeSH in der Detailanzeige

    Experten der National Library of Medicine vergeben auf Grundlage des Volltextes Schlagworte, die in der Abstract-  bzw. Detailanzeige aufgeklappt bzw. direkt angeschaut werden können, siehe Screenshot. Die Kategorien humans/animals, male/female und Altersgruppen wie Adult werden standardmäßig vergeben, wenn die Zuordnung möglich ist.

    Die thematischen Begriffe können bestimmte Unterbegriffe enthalten, sogenannte Subheadings, die nach dem Schrägstrich stehen. Ein * am Ende bedeutet, dass dieser Begriff ein Hauptaspekt der Arbeit ist (Major topic).



  • MeSH database

    Über die Startseite der MeSH database (siehe auch Pubmed-Homepage unter Explore) kann man gezielt nach diesen Begriffen suchen, die hierarisch als Baumstruktur angelegt sind.

    Die Suche mit prostate zeigt als 4. Treffer Prostatic Neoplasms an, siehe Screenshot. Oft ist die Suche mit Platzhaltern sinnvoll, hier z. B. mit prostat*.

    Nach Auswahl werden zahlreiche Subheadings anzeigt (passende Auswahl aus rund 80 möglichen, siehe https://www.nlm.nih.gov/mesh/subhierarchy.html), die eine engere Suche ermöglichen.

    Darunter ist folgende Auswahl möglich:

    Die Einschränkung auf Major Topic bedeutet: finde nur Artikel, bei denen der MeSH-term einen Hauptaspekt der Arbeit darstellt (Suche mit term[majr]).

    Der zweite Punkt verweist auf die MeSH-Hierarchie, die dann weiter unten angezeigt wird (ein oder mehrere Bäume mit verlinkten Begriffen zum Browsen): standardmäßig werden alle Begriffe unterhalb eines MeSH-terms für die Suche verwendet, außer man schließt das explizit aus (term[mesh:noexp]).

    Der MeSH-term kann über die Search Builder-Box für die Suche verwendet werden, siehe Screenshot.

    Die dann folgenden Entry Terms sind Synonyme, die bei der Suche nach Title/Abstract-Begriffen hilfreich sein können (die Begiffs-Kombinationen, die ein Komma enthalten, können ignoriert werden).

    Achten Sie auf Year introduced oben bei der Definition und gegebenenfalls Previous Indexing unterhalb der Entry Terms - manchmal ist es sinnvoll, auch mit vorherigen MeSH-terms zu suchen.

     Hinweis: Auf PubMed Online Training sind ein Tutorial und kurze Videos zur Verwendung von MeSH vorhanden. 

  • MeSH als Filter

    Der Filter Journal category > MEDLINE zeigt nur mit MeSH-terms verschlagwortete Artikel an. Filter wie Species, Sex, Age und Article type schränken automatisch auf bereits verschlagwortete Artikel ein, da sie Teil der Verschlagwortung sind. Der Article type Systematic Reviews ist als komplexe Suchstrategie eine Ausnahme – siehe auch den Abschnitt "Clinical Queries". Der Sprachfilter Language bezieht sich immer auf alle Artikel.

    Siehe auch Abschnitt "Filter".

Alternative PubMed-Tools

Im Internet gibt es eine Vielzahl von Tools die auf der Datenbank PubMed basieren und die Suchergebnisse visuell darstellen und/oder statistisch aufbereiten. Eine Auswahl:

  • PubReMiner: Hiermit können detaillierte statistische Analysen erstellt werden, z.B. zu Experten eines Fachgebiets oder Zeitschriften, in welchen häufig zu einem bestimmten Thema publiziert wird, oder zur Häufigkeit von MeSH-Terms. Man kann mit Suchbegriffen oder PMIDs suchen.
  • Yale MeSH Analyzer: Nach Eingabe von bis zu 20 PMIDs werden die MeSH-Terms der Artikel in einer Tabelle zeilenweise alphabetisch angezeigt. Die Anzeige der Abstracts kann über die Einstellungen ergänzt werden. Damit kann man zeitsparend untersuchen, welche Mesh-Terms für eine Suche geeignet sein können oder warum bestimmte Artikel mit einer Suchstrategie nicht gefunden werden.
    Mit einem Bookmarklet im Browser können die Analysen direkt erfolgen, siehe http://mesh.med.yale.edu/help#bookmarklet

Hinweis: Die PubMed-IDs (PMIDs) von Einzeltreffern können in PubMed einfach generiert werden: Treffer anhaken > Save > Format: PMID > Create file. Die Nummern können über Copy&Paste in die genannten Tools eingefügt werden.

My NCBI-Konto und E-Mail-Alerts

My NCBI ist ein kostenloses Konto, das mit PubMed verbunden ist. Auf der PubMed-Startseite gelangt man oben rechts über Log in > Sign up > ... NCBI Account zum Registrierungsformular.

Über Send to > My Bibliography oder Send to > Collections können Treffer dort dauerhaft gespeichert werden, siehe Screenshot.

Sie können mit einem Konto auch E-Mail-Alerts anlegen: nach dem Abspeichern einer Suchanfrage mit Create alert (unterhalb der Suchzeile) werden Sie regelmäßig über neue Einträge in PubMed zu Ihrer Suchanfrage informiert.

Hinweise:

  • Einige mögliche Einstellungen im My-NCBI-Konto, genauer in den NCBI Site Preferences, werden Stand Februar 2020 noch nicht übernommen, u.a. das Highlighting von Suchbegriffen und Result Display Settings wie Treffer pro Seite, Abstract format und Sortierung.
  • My-NCBI-Nutzer sehen den "Check full text"-Button  nur bei aktiviertem Outside Tool:
    Log in > NCBI Site Preferences > PubMed Preferences > Outside Tool
    anklicken > Bibliothek der Medizinischen Fakultat Mannheim auswählen > Save
  • Ausführliche Informationen zur Nutzung des My-NCBI-Kontos enthält My NCBI Help.

Zugriffshinweise und "Check full text"-Service

Nutzen Sie den "Check full text"-Service über den Button  in der Abstract- bzw. Einzeltrefferansicht, um Volltexte abzurufen oder über den Literatur-Liefer-Dienst zu bestellen.

Der Volltextzugriff von außerhalb des Fakultätsnetzes ist nur für Angehörige der Fakultät mit Bibliothekskennung möglich, siehe Zugriffsmöglichkeiten.


Weiterführende Seiten

  • PubMed-Kurs der Bibliothek (90 Minuten, ca. alle 6-8 Wochen im Semester)
  • Book a Librarian: täglich buchbare rund 30minütige Termine für Hilfe bei Literaturrecherchen.
  • Auftragsrecherchen: wir erstellen nach Absprache die Suchstrategie, suchen bei Bedarf in mehreren Datenbanken und stellen eine EndNote-Library zur Verfügung.
  • PubMed Help (auf der PubMed-Startseite als "FAQs & User Guide" verlinkt, auf Ergebnisseiten als "User Guide" oben rechts)
  • PubMed Online Training: Quick-Tour-Videos für "New PubMed" (das "PubMed Tutorial" wird noch überarbeitet)
  • Unterschied zwischen MEDLINE, PubMed und PubMed Central
  • Aktuelle Artikel aus E-Journals

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